尚未完全明确，婴幼儿胃肠道功能发育不完善，饮食改变、辅食添加不当、肠道感染、肠痉挛、肠息肉等都是诱因，多见于 2 岁以下儿童，尤其是 4-10 个月的婴儿，回肠末端套入结肠是最常见的类型。
主要由细菌或病毒感染所致，溶血性链球菌为最常见致病菌，病毒感染以腺病毒、流感病毒为主，婴幼儿受凉、感冒后免疫力下降，病原体侵入扁桃体引发炎症，也可因接触感染患者诱发。
由白色念珠菌感染所致，婴幼儿口腔黏膜娇嫩、免疫力低下，奶嘴、奶瓶、餐具消毒不彻底，母乳喂养时乳头清洁不佳，长期使用抗生素或糖皮质激素导致口腔菌群失调，都是主要诱因，新生儿可通过产道感染。
多因儿童神经系统发育尚未成熟，高热刺激导致大脑神经元异常放电，多继发于急性上呼吸道感染、肺炎、腹泻等急性感染性疾病，体温骤升至 38.5℃以上时易诱发，遗传因素也会增加发病概率，多见于 6 个月 - 5 岁儿童。
核心是维生素 D 缺乏，导致钙、磷代谢紊乱，骨骼钙化不良，婴幼儿户外活动过少、光照不足，维生素 D 摄入不足如母乳或配方奶中含量低、辅食添加不当，生长发育过快，以及胃肠道、肝脏疾病影响维生素 D 吸收，都是主要诱因。
由肠道病毒感染所致，柯萨奇病毒 A16 型、肠道病毒 71 型为主要致病菌，通过消化道、呼吸道飞沫及接触患儿粪便、疱疹液、污染物品传播，5 岁以下儿童免疫力低下，为高发人群。
主要是铁摄入不足，婴幼儿辅食添加过晚、辅食中含铁食物过少是主要诱因，也可因铁吸收障碍如慢性腹泻、胃肠道疾病，铁丢失过多如慢性失血、钩虫感染，以及生长发育过快，铁需求增加所致，婴幼儿是高发人群。
以病毒感染为主，鼻病毒、冠状病毒、流感病毒等为常见，少数合并溶血性链球菌等细菌感染，婴幼儿免疫力低下，受凉、淋雨、过度劳累后易发病，病原体通过呼吸道飞沫或接触传播。
分感染性和非感染性，感染性由轮状病毒、诺如病毒、大肠杆菌、沙门氏菌等病原体所致，通过消化道传播，多因食用不洁食物、手卫生不佳引发；非感染性与喂养不当、腹部受凉、辅食添加不当、乳糖不耐受、牛奶蛋白过敏相关，婴幼儿胃肠功能发育不完善，易受外界因素影响。
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